浄土真宗は、鎌倉時代の中頃に親鸞聖人によって開かれましたが、その後、室町時代に蓮如上人（れんにょしょうにん）によって民衆の間に広く深く浸透して発展し、現在では、わが国における仏教諸宗の中でも代表的な教団の一つとなっています。

もともと、本願寺は、親鸞聖人の廟堂（びょうどう）から発展しました。親鸞聖人が弘長2年11月28日（新暦1263年1月16日）に90歳で往生されると、京都東山の鳥辺野（とりべの）の北、大谷に石塔を建て、遺骨をおさめました。しかし、聖人の墓所はきわめて簡素なものでありましたため、晩年の聖人の身辺の世話をされた末娘の覚信尼（かくしんに）さまや、聖人の遺徳を慕う東国の門弟達は寂莫の感を深めました。そこで、10年後の文永9年（1272）に、大谷の西、吉水の北にある地に関東の門弟の協力をえて六角の廟堂を建て、ここに親鸞聖人の影像を安置し遺骨を移しました。これが大谷廟堂（おおたにびょうどう）です。

この大谷廟堂は、覚信尼さまが敷地を寄進したものでしたので、覚信尼さまが廟堂の守護をする留守職（るすしき）につき、以後覚信尼さまの子孫が門弟の了承を得て就任することになりました。

上人の説かれる平等の教えは、古い支配体制からの解放を求める声となり、門徒たちはついに武装して一揆を起こすに至りました。文明7年、上人は争いを鎮めようと吉崎を退去され、河内（大阪府）出口を中心に近畿を教化。文明10年（1478）には京都山科に赴き本願寺の造営に着手、12年に念願の御影堂の再建を果たされ、ついで阿弥陀堂などの諸堂を整えられました。上人の教化によって、本願寺の教線は北海道から九州に至る全国に広まり多くの人に慕われましたが、明応8年（1499）85歳で山科本願寺にて往生されました。

この後、山科本願寺は次第に発展しましたが、天文元年（1532）六角定頼や日蓮衆徒によって焼き払われました。そこで蓮如上人が創建された大坂石山御坊に寺基を移し、両堂など寺内町を整備して発展の一途をたどりました。

しかし、天下統一を目指す織田信長が現れ、大きな社会勢力となっていた本願寺の勢力がその障害となったので、ついに元亀元年（1570）両者の間に戦端が開かれました。本願寺は、雑賀衆（さいかしゅう）をはじめとする門徒衆とともに以来11年にわたる、いわゆる石山戦争を戦い抜きましたが、各地の一揆勢も破れたため、仏法存続を旨として天正8年（1580）信長と和議を結びました。第11代顕如（けんにょ）上人は、大坂石山本願寺を退去して紀伊（和歌山）鷺森に移られ、さらに和泉（大阪府）貝塚の願泉寺を経て、豊臣秀吉の寺地寄進を受けて大坂天満へと移られました。

天正19年（1591）秀吉の京都市街経営計画にもとづいて本願寺は再び京都に帰ることとなり、顕如上人は六条堀川の現在地を選び、ここに寺基を移すことに決められました。阿弥陀堂・御影堂の両堂が完成した文禄元年（1592）、上人は積年の疲労で倒れられ、50歳で往生されました。長男・教如（きょうにょ）上人が跡を継がれましたが、三男の准如（じゅんにょ）上人にあてた譲状があったので、教如上人は隠退して裏方と呼ばれました。これには大坂本願寺の退去に際して、講和を受けいれた顕如上人の退去派と信長との徹底抗戦をとなえた教如上人の籠城派との対立が背景にありました。その後、教如上人は徳川家康に接近し、慶長7年（1602）家康から烏丸七条に寺地を寄進され、翌年ここに御堂を建立しました。これが大谷派本願寺の起源で、この時から本願寺が西と東に分立したのであります。